قرآن به خط محقق طلایی در زمینه‌ای سفید نوشته شده و نشان پایان آیات، به صورت دایره‌ای تزیینی به رنگ‌های طلایی، شنگرف و لاجورد است. از نمونه‌های مشابه ‌این اثر قرآن ابراهیم سلطان در گنجینه قرآن آستان قدس رضوی است» (تصویر3-2) (همان، 114).
3-1-3- قرآن شماره 3: «قرآنی به خط محقق از هرات یا سمرقند است که در تاریخ 1405- 1400/808-803 توسط عمرآقتا وبه سفارش الغ بیگ، فرزند شاهرخ و نواده تیمور تهیه شده‌است. این قرآن بیش از یک درع (حدود104 سانتی متر) بود که تقریباً هم اندازه با سطر قرآن بایسنقری است. در قسمتی از این قرآن که در این مجموعه نگهداری می‌شود، یک سطر از آیه 6، سوره لقمان را در خود جای داده‌است. خط محقق درشت وسیاه نوشته، دارای اعراب‌گذاری سیاه رنگ، علائم تجویدی قرمز رنگ (شنگرف) است. طول سطر آن 5/96 سانتی‌متر ودر برخی از قسمتها لبه کاغذ با رنگ طلایی تزیین شده که در بسیاری از بخش‌ها نیز آسیب دیده‌است. این تزیینات به سبک برگ‌های تزیینی قرآن بایسنقری بسیار شبیه ‌است، به همین دلیل این قسمت به‌ احتمال زیاد به همان دست نوشته تعلق دارد» (تصویر3-3) (خلیلی، 1381الف: 19). درکنار این برگ قرآن، دو صفحه نیز از قرآن منسوب به بایسنقر میرزا نگهداری می‌شود که شامل آیات 54-46 سوره سباء وآیه 1 سوره فاطر است.
3-1-4- قرآن شماره 4: قرآنی است به خط ثلث که توسط شیخ محمد طغرایی در تاریخ 1406/809 کتابت شده‌است. «این مصحف از جمله نمونه‌های قرآن‌نگاری سبک تیموری است، که خوشنویسان ترکیب‌بندی صفحات را بر پنج قسمت تقسیم می‌نموده‌اند، به گونه‌ای که سه سطر بالا، وسط و پایین به خط ثلث، ریحان و یا محقق قرار می‌گرفته و دو سطر میانه که به خط نسخ یاقوتی یا ثلث خفی کتابت می‌شده‌است. این وجه قالب در قرآن‌های دوره تیموری تا دو سده بعد نیز مورد تقلید خوشنویسان ایرانی قرار گرفته‌است» (شاهکارهای آستان قدس، 1391: 186). صفحات این نسخه، دارای جدولی ساده و تزئینات آن شامل نشان‌های ترنجی، فواصل آیات به صورت دوایر زرین، سرسوره‌هایی مذهب و اسامی سوره به خط رقاع وقلم زر در زمینه لاجورد نوشته شده‌است. (تصویر3-4)
3-1-5- قرآن شماره 5: قرآن دیگری « به خط نسخ خوش، کتابت خفی، تحریرقرن نهم هجری، با رقم ساختگی بایسنقر مورخ 823هجری، کاغذ حنایی آبدیده و متن و حاشیه شده در قرن سیزدهم هجری با جدول وکمند به تحریر زر، دو صفحه‌اول فهرست اسمأالنور به خط رقاع در خانه های شطرنجی و زمینه طلا پوش از قرن سیزدهم، دو صفحه‌ابتدا، تمامی تذهیب با کتیبه‌های بالا و پایین به خط رقاع، اسامی سوره‌ها به خط رقاع و قلم زر (رنگ طلایی) تحریر شده و فواصل آیات ستاره نشان است» (گلچین معانی، 1347: 130). سرلوح تذهیب شده‌ این قرآن توسط ساقه‌ها وبندهای اسلیمی تزیین شده‌است، زمینه ‌اثر به رنگ لاجورد و ساقه‌های اسلیمی به رنگ طلایی و بندهای اسلیمی با رنگ‌های سفید و نارنجی رنگ‌آمیزی شده‌اند. در قسمت سرسوره گردش‌های طلایی اسلیمی بر روی زمینه لاجورد، بسیار زیبا و دقیق کار شده‌است. (تصویر3-5)
3-1-6- قرآن شماره 6: نمونه‌ای دیگر از نسخ قرآنی، قرآنی است به خط نسخ و ضمائم ثلث با کتابت خواجه جلال الدین محمودالسلطانی و سفارش ابراهیم سلطان، نواده تیمور در تاریخ 1420/823 درشیراز تهیه شده‌است. نخستین صفحات این قرآن به سبک تیموری تذهیب شده و دارای کتیبه‌های منحنی با نقش دسته‌گل پر مانند بر زمینه‌ای آبی‌رنگ است. برای فصل آیات نقش گل‌کوچک طلایی رنگی ترسیم شده، نقوش بیضی‌شکل در حاشیه، نشانگر محل فصل هر 5آیه و شمسه مدور، نشانه پایان هر ده‌ آیه‌ است. عنوان سوره ها با ثلث طلایی و داخل کتیبه های سفید با خطوط منحنی در دو جانب نوشته شده‌است» (تصویر3-6) (شایسته فر، 1388).
3-1-7- قرآن شماره 7: قرآن مشهور دیگر این دوره که نمونه کاملی ازیک مصحف فاخراست. «این قرآن از مجموعه قرآن‌های آستان قدس‌رضوی شاید مهم‌ترین اثر باقی مانده‌ از ابراهیم‌سلطان باشد که رقم کامل و تاریخ کتابت آن یعنی 827 ه. ق سالم و موجود است. این مصحف که منتخبی از 12 سوره قرآن بوده، به قلم ثلث جلی ودر ابعاد64×80 سانتی‌متر بعد از قرآن منسوب به بایسنقر، یکی از بزرگترین مصاحف قرآنی به حساب می‌آید. کاغذ این اثر خانبالغ ضخیم و دارای تزئینات بسیار زیبای تذهیب مکتب شیراز است» (شاهکارهای آستان قدس، 1391: 197). «در هرصفحه هفت‌سطر دارد، سطرهای نخست و آخر به خط ثلث جلی به قلم سیاهی و تحریر زرین و پنج سطر میانی به خط ریحان زرین و تحریر سیاه ‌است» (صحراگرد، 1391: 145). «فواصل آیات، دارای شمسه زرین، نشان‌های ترنجی به رنگ‌های زر، زنگار، شنگرف و لاجورد است. به غیر از دو صفحه ‌اول که دارای تذهیب زرین و خط پیشانی آن کوفی تزئینی بوده، جمعاً ده سرسوره دارای تذهیب زرین و اسامی سوره‌ها به قلم زر تحریردار نوشته شده‌است. پشت ورق آخر، رقم کاتب در پنج سطر و در بالا وپایین آن، دو ترنج، که در ترنج بالا، آیه‌ای از قرآن و در ترنج پایین، عبارت وقف بر روضه رضویه و در ادامه صفحه به خط تعلیق خوش و طرز چلیپا، گزارش اصلاح و ترمیم اوراق مزبور در زمان رکن الدوله نوشته شده‌است». (شایسته فر، 1388: 105) (تصویر3-7).
3-1-8- قرآن شماره 8: «برگی از نسخه با ارزش ابراهیم سلطان است که در سال1437/830 در شیراز کتابت شده‌است. خطوط درشت ونسخ این نسخه با نقوش تزیینی طلایی که در سده شانزدهم/دهم به حاشیه‌ آن اضافه شده تزیین شده‌است، هرچند که بسیاری از گل های تزیینی حاشیه صفحات آن یادآور نقوش تزیینی اوایل دوره تیموری است. هرصفحه‌این قرآن شامل 10 سطر در یک جدول کشی ساده‌است که فضای بین سطرها نیز با تزییناتی ابر مانند در زمینه‌ای طلایی، زینت شده‌است» (همان) (تصویر3-8).
3-1-9- قرآن شماره 9: « نسخه قرآنی دیگری ازهرات معروف به قرآن تک جلدی هرات 1550- 1429/ 957- 832 که با نقوش اسلیمی وگل اجرا شده‌است. «این دست نوشته زیبا و بی‌نظیر ظاهراً در قرن 13 هجری مرمت شده و به شکل کنونی درآمده، در این دوره ترقیمی نیز بدان افزوده شده‌است. بی‌تردید زیباترین قسمت این دست‌نوشته، تذهیبی است که از پشت لت1 تا روی لت4 دیده می‌شود. تذهیب زیبای این قرآن احتمالاً مربوط به دربار تیموریان در هرات بوده، زیرا نقوش به کاررفته در آن دقیقاً تقلیدی از صفحات آغازین شاهنامه بایسنقری است که در سال 1429/833 کتابت شده، همچنین خصوصیات ظاهری و جنس کاغذ این دو دست‌نوشته نیز مبین تعلق آنها به سده پانزدهم/ نهم است» (خلیلی، 1381الف: 32) (تصویر3-9).
در تمامی بخش‌ها از جمله حاشیه، قاب سرسوره و قاب میانی صفحه‌ها، انواع نقش‌های اسلیمی دیده می‌شود؛ درلابه‌لای اسامی سوره‌ها نقش اسلیمی با ترکیبی به شکل گل در رنگ‌های سفید و قهوه‌ای و در پس زمینه ‌اسامی سوره‌ها به صورت قاب اسلیمی به رنگ طلایی وجوددارد. در حاشیه دوم نیز نقوش به رنگ طلایی اجرا شده‌اند. « به نظرمی‌رسد قرآن هرات موجود در مجموعه خلیلی، قرآنی با تزیینات متعلق به قرون 9و 10 و 12 و13 باشد. این قرآن دارای سجع ترقیمی است که با مرکب سواد و با نام شاهزاده‌ابراهیم سلطان بن شاهرخ، در زیر آخرین صفحه و احتمالا به زمان اتصال صفحات مذهب به صفحات اصلی قرآن مربوط می شود» (جوادی، 13: 1393).
3-1-10- قرآن شماره 10: نسخه قرآنی دیگری که متعلق به دوره تیموری می باشد، «این نسخه قرآنی به خط ریحان، با سرلوحه سوره به خط کوفی تزیینی وکتابت ابراهیم سلطان تیموری به تاریخ 1430/833 موجود است. هرصفحه‌این قرآن دارای 5سطر به قلم زر تحریر شد، دارای جدولی با تذهیب زیبا به رنگ طلا ولاجورد وترنج هایی کوچک در اطراف جدول است» (شایسته فر، 109: 1388). « در کتیبه‌ای که در کنار صفحه نوشته شده‌این قرآن وقف مزار سیداحمد بن موسی (ع) گردیده‌است» (تصویر3-10) (لینگز، 172: 13).
3-1-11- قرآن شماره 11: «قرآنی به خط نسخ عبدالسلام بن حسام الدین است که در تاریخ 1432/836 کتابت شده و رقم کاتب در پایان نسخه‌الصاق شده‌است. این قرآن دارای ابتدا و انتها نیست و تمام صفحات آن دارای جدول‌کشی و حاشیه به رنگ‌های طلا، لاجورد و شنگرف بوده و 9 سطر در متن آن کتابت شده که 3 خط اول، وسط و آخر آن به خط درشتر و 6 خط آن با قلم ریزتر نوشته شده‌است. بر روی اوراق این قرآن لکه‌های آب گرفتگی دیده می‌شود و برخی صفحات آن نیز افتاده و برخی دیگر نیز غیر منظم صحافی شده‌اند» (تصویر3-11) (شایسته فر، 1388).
3-1-12- قرآن شماره 12: نسخه‌ای دیگر از این دوره که، «به سه خط نسخ، ثلث ورقاع بسیار خوش، به خط عبدالله طباخ هروی از خوشنویسان معروف زمان شاهرخ، در سال 845 هجری به‌اشاره رکن‌السلطنه علاءالدوله بهادرخان نوشته‌است» (گلچین معانی، 1347: 144). «هر صفحه‌ آن یازده سطر، سه سطر اول، وسط و آخر به خط ثلث و هشت سطر بقیه به خط نسخ در دو قسمت کتابت شده‌است. دو صفحه ‌اول تمام تذهیب، متن و حاشیه با کتیبه‌های بالا و پایین صفحه به خط کوفی تزئینی، سرسوره ها بعضی به خط رقاع و یعضی به خط ریحان با قلم زر تحریردار و زمینه ساده، نشان‌ها ترنجی به زر و زرنگار و لاجورد و سیاه و لبه بعضی از صفحات ترمیم شده‌است. تعداد اوراق این نسخه 339 ورق به قطع 8/48×5/34 سانتی‌متر می باشد» (شایسته فر، 1388: 106). «جلد این قرآن سوخت عالی با نقش ترنج وسرترنج وکتیبه بازوبندی حاوی آیت‌الکرسی بوده و در درون جلد این مصحف ذکری از خزانه سلطان‌حسین بایقرا آمده‌است. واقف قرآن ابوتراب ملقب به‌ اعتقادخان فرزند غیاث‌الدین‌محمدرازی این قرآن را در تاریخ دهم ربی‌الثانی 1040وقف آستان‌امام‌هشتم (ع) کرده‌است» (شاهکارهای آستان قدس رضوی، 1391: 209). دوصفحه‌ آغازین مصحف مذهب مزدوج بوده و در حاشیه صفحات قرآن ترنج‌های زیبای مذهب مرصع مشاهده می‌شود. (تصویر3-12)
صفحات این نسخه همچون دیگر نمونه‌ها، دارای جدول‌کشی بوده و نشانه‌ها وعلائم شمسه مانندی با تزییناتی زیبا در اطراف صفحات دیده می‌شود. نشان‌های پایان آیات به شکل دایره وگل در رنگ‌های طلا و شنگرف اجرا شده و عنوان سرسوره‌ها نیز به رنگ طلا تحریر یافته‌است. افسوس که ‌از این نسخه گرانبها اندکی مانده و آن هم پاره، فرسوده و موریانه خورده‌است» (دانش پژوه، 1355).
3-1-13- قرآن شماره 13: نمونه‌ای دیگر از قرآن‌های دوره تیموری «به تاریخ 1450/854 وخط نسخ دیده می‌شود که محل تهیه آن ایران یا عراق است. عنوان سرسوره‌های صفحات ابتدای این نسخه، در قاب‌هایی بالا و پایین متن اصلی به رنگ طلایی در زمینه سیاه نوشته شده وبا پیچک گل‌های ظریف تزیین شده‌است، اما صفحات دیگر، تزییناتی ساده دارد. نشان پایان آیات، شامل دایره‌هایی طلایی، در حاشیه نیز نوشته‌های طلایی هر ده‌ آیه را مشخص کرده‌است. علائم وقف نیز به رنگ قرمز در متن آیات مشخص شده و ابعاد این نسخه کوچک 5/11×17 سانتی متر است» (تصویر3-13) (شایسته فر، 115: 1388).
3-1-14- قرآن شماره 14: نمونه بعدی، «قرآن زیبایی به خط محمدبن محمد عمران الحنفی است که در تاریخ 1428/868 به خط غبار کتابت شده‌است. در صفحات ابتدایی این قرآن، قاب های تذهیب شده‌ای، دیده می شود که نسبت به نمونه سبکی آن، از نظر ظرافت نقوش، ساده تر به نظر می آید. عنوان سرسوره ها وشماره سوره ها نیز در 4 قاب در بالا وپایین متن آیات، به خط کوفی طلایی رنگ برزمینه‌ای از پیچک‌های اسلیمی و برگ‌های طلایی نوشته شده‌است. علائم فصل آیات به شکل گل‌های ساده طلایی بوده وحاشیه قاب‌ها توسط نوارهایی سبزرنگ ورشته‌هایی از گل‌های طلایی وقهوه‌ای در زمینه‌ آبی، احاطه شده‌است. در بالا وپایین قابها،